La principal amenaza que enfrenta la región es la fragmentación de la selva, ocasionada por la agricultura en pequeña y gran escala. A raíz de esta situación, disminuyeron los servicios ambientales (agua dulce, se hizo notar el cambio climático, erosión del suelo, recursos turísticos y culturales) de los que depende toda la población de la ecoregión.
Más de 28,2 millones de personas viven en esta ecoregión, 20,3 millones en áreas urbanas y 7,9 millones en zonas rurales. Se estima que tres cuartos de la población del Brasil (donde queda solo el 2,7 por ciento del bosque natural) vive en la Mata Atlántica y el 80 por ciento del PBI brasilero -la octava mayor economía del mundo- es producido en la región.
El crecimiento poblacional de Misiones ha sido uno de los mayores del país, pasando de 180.000 mil habitantes en 1938 a 422.870 en 1962, de 900.000 en 1995 a 961.274 en 2001 (la población se incrementó un 22,61 por ciento respecto al último relevamiento). Cada uno de los misioneros, directa o indirectamente, depende de la conservación de la masa boscosa nativa. Y no alcanza sólo con la creación de los parques, es imprescindible mantener la conectividad entre los mismos y con ello el intercambio genético, la reproducción de especies y la generación de servicios.
En el Brasil “el desmonte aumentó drásticamente en los últimos dos siglos, como consecuencia de la agricultura (café, trigo, soja y caña de azúcar), la actividad industrial que promovió el uso de madera como combustible y la forestal con la plantación de pinos y eucaliptos" (queda sólo 771.276 hectáreas de selva, el 2,7 por ciento del área original) .
En Paraguay y Argentina, se incrementó en las últimas décadas. "En el primer país, para la plantación de soja (restan 1.152.332 hectáreas de selva, el 13,4 por ciento del área original) y en el segundo, por la actividad maderera y la yerba mate”. (Paraguay presenta uno de los más altos índices de desmonte en América Latina).
Lo que queda de selva alberga cerca del 7 por ciento de todas las especies de la Tierra, 40 por ciento de especies de vertebrados, 52 por ciento de especies arbóreas y el 80 por ciento de las especies primates son endémicas, muchas de ellas en extinción (como la Harpía, el Pato Serrucho, etcétera).
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